| Seznam |
| Téma: | Analýza dat genové exprese u nemocných s polycytemií vera |
|---|---|
| Vedoucí: | |
| Vypsáno jako: | Práce v týmu a její organizace |
| Oponent: | Filip Železný |
| Popis: |
============== = NEAKTIVNI TEMA = ============== (vypsano 2010) Polycytemie vera (PV) je zhoubné krevní onemocnění. Nemocní mají příliš červených krvinek a zvýšenou hustotu krve, od které se odvíjí i dušnost, bolest u srdce, vysoký krevní tlak, často zvýšená srážlivost krve. Nemoc je chronická a v podstatě neléčitelná. Potíže lze zmírňovat pomocí inhibitorů kináz nebo upouštění žilou. Genetická podstata nemoci není známá. Cílem tohoto projektu je identifikovat kandidátské geny, které jsou odlišně exprimované ve skupině osob s diagnostikovanou PV a kontrolní skupinou zdravých jedinců. Při řešení se budou používat metody strojového učení a statistické testy. Každý vzorek je měřen opakovaně v průběhu kultivace ve zkumavce, dalším oborem, se kterým se lze při řešení seznámit, je analýza časových řad. K řešení lze využít či modifikovat stávající systém XGENE.ORG vyvinutý na katedře kybernetiky. |
| Pokyny: | 1. Seznamte se s daty genové exprese, způsobem jejich měřením a možnostni analýzy.
2. Seznamte se s konkrétním PV problémem popsaným v zadání. 3. Data připravte ve zjednodušené formě pro použití systému XGENE.ORG. 4. Statisticky analyzujte data genové exprese, vyhledejte diferenciálně exprimované geny. 5. Proveďte analýzu na úrovni vyšších funkčních jednotek -- metabolické dráhy, termíny genové ontologie, moduly, fluxy. 6. Navrhněte modifkaci systému XGENE.ORG pro přímé využití i pro časová data. Připravte R moduly. 7. Výsledky zpracujte do závěrečné zpravy. |
| Literatura: | Baxevanis, Ouellette: Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins. 3rd Edition, Wiley, 2005. Dubitzky, Granzow, Berrar: Fundamentals of Data Mining in Genomics and Proteomics. Springer, 2007. |
| Realizace: | kód v Pythonu, resp. R, zpráva o řešení |
| Vypsáno dne: | 01.02.2010 |
| Max. počet studentů: | 6 |
| Přihlášení studenti: | |