Téma: | Geometrická modifikace tunelů v proteinových strukturách
|
---|
Vedoucí: | Ing. Vojtěch Vonásek Ph.D.
|
---|
Vypsáno jako: | Diplomová práce,Bakalářská práce,Individuální projekt,Dobrovolná odborná práce,Semestrální projekt
|
---|
Popis: | Proteiny jsou makromolekuly zajišťující klíčové funkce v živých organismech. Chemické reakce se odehrávají na tzv. aktivních místech, které mohou být schovány hluboko uvnitř proteinu a jsou přístupné tzv. tunely. Pro softwarovou analýzu proteinů jsou tunely detekovány (na základě hard-sphere modelu proteinu) metodou Voroného diagramů a jsou reprezentovány jako sekvence koulí. Cílem práce je implementovat metody pro modifikaci tvaru tunelů, např. tak, aby došlo k rozšíření tzv. bottlenecku tunelu. Bottleneck tunelu je nejužší místo tunelu a jeho velikost omezuje tvar/velikost ligandů (jiných molekul), které mohou s proteinem reagovat.
Jako základ lze využít algoritmy plánování pohybu známé z robotiky. Práce předpokládá dobrou znalost c/c++ a python (případně jiného skriptovacího jazyka) a prostředí linux/unix.
|
---|
Vypsáno dne: | 23.01.2019
|
---|