Seznam

Téma:Detekce tunelů v dynamických proteinových strukturách
Vedoucí:Ing. Vojtěch Vonásek Ph.D.
Vypsáno jako:Diplomová práce,Bakalářská práce,Individuální projekt,Dobrovolná odborná práce,Semestrální projekt
Popis:Proteiny jsou makromolekuly zajišťující klíčové funkce v živých organismech. Chemická reaktivita se odehrává na tzv. aktivních místech, které mohou být schovány hluboko uvnitř proteinu. Atomy proteinu se neustále hýbou, čímž dochází jednak k posunu aktivních míst, ale také ke vzniku a zániku cest (tunelů) k těmto místům. Cílem práce je detekovat tunely (tj. cesty k atkivním místům) v dynamické proteinové struktuře. Pro tyto účely jsou proteiny modelovány nejčastěji tzv. hard-sphere modelem, ve kterém jsou jednotlivé atomy reprezentovány koulemi.

Jako základ lze využít algoritmy plánování pohybu známé z robotiky. Práce předpokládá dobrou znalost c/c++ a prostředí linux/unix. Znalost práce na výpočetních cloudech, práce s GPU, renderování jsou výhodou.
Vypsáno dne:10.04.2017