Seznam

Téma:Testování průchodnosti v proteinových strukturách
Vedoucí:Ing. Vojtěch Vonásek Ph.D.
Vypsáno jako:Diplomová práce,Bakalářská práce,Individuální projekt
Popis:Proteiny jsou makromolekuly zajišťující klíčové funkce v živých organismech. Chemická reaktivita se odehrává na tzv. aktivních místech, které mohou být schovány hluboko uvnitř proteinu. Aktivní místa jsou pro ostatní chemikálie (ligandy) přístupná tzv. tunely, tj. cestami mezi povrchem proteinu a jeho vnitřkem. Znalost tunelů (např. jejich tvaru, délky, rozložení v proteinu) lze využít k zrychlení experimentů např. při návrhu léků. Cílém práce je navrhnout a implementovat metody pro analýzu průchodnosti tunelů s využitím metod používaných v robotice pro plánování pohybu robotů/objektů. Průchodnost závisí nejen na tvaru a délce tunelu, ale také na schopnosti ligandu 'zmačkat' v úzkých částech tunelu.

Pro řešení práce budou použity tzv. hard-sphere modely atomů. Vstupem budou data ze simulací proteinových dynamik. Práce předpokládá dobrou znalost c/c++ a prostředí linux/unix, schopnost samostatného nastudování doporučených API knihoven a jejich použití v SW.
Realizace:SW v c/c++, pripadne v pythonu.
Vypsáno dne:10.04.2017