Detail of the student project

List
Topic:Geometrická modifikace tunelů v proteinových strukturách
Department:Katedra kybernetiky
Supervisor:Ing. Vojtěch Vonásek Ph.D.
Announce as:DP,BP,PMI,SOP,PRO
Description:Proteiny jsou makromolekuly zajišťující klíčové funkce v živých organismech. Chemické reakce se odehrávají na tzv. aktivních místech, které mohou být schovány hluboko uvnitř proteinu a jsou přístupné tzv. tunely. Pro softwarovou analýzu proteinů jsou tunely detekovány (na základě hard-sphere modelu proteinu) metodou Voroného diagramů a jsou reprezentovány jako sekvence koulí. Cílem práce je implementovat metody pro modifikaci tvaru tunelů, např. tak, aby došlo k rozšíření tzv. bottlenecku tunelu. Bottleneck tunelu je nejužší místo tunelu a jeho velikost omezuje tvar/velikost ligandů (jiných molekul), které mohou s proteinem reagovat.

Jako základ lze využít algoritmy plánování pohybu známé z robotiky. Práce předpokládá dobrou znalost c/c++ a python (případně jiného skriptovacího jazyka) a prostředí linux/unix.
Date:23.01.2019
Responsible person: Petr Pošík