Detail of the student project

List
Topic:Testování průchodnosti v proteinových strukturách
Department:Katedra kybernetiky
Supervisor:Ing. Vojtěch Vonásek Ph.D.
Announce as:DP,BP,PMI
Description:Proteiny jsou makromolekuly zajišťující klíčové funkce v živých organismech. Chemická reaktivita se odehrává na tzv. aktivních místech, které mohou být schovány hluboko uvnitř proteinu. Aktivní místa jsou pro ostatní chemikálie (ligandy) přístupná tzv. tunely, tj. cestami mezi povrchem proteinu a jeho vnitřkem. Znalost tunelů (např. jejich tvaru, délky, rozložení v proteinu) lze využít k zrychlení experimentů např. při návrhu léků. Cílém práce je navrhnout a implementovat metody pro analýzu průchodnosti tunelů s využitím metod používaných v robotice pro plánování pohybu robotů/objektů. Průchodnost závisí nejen na tvaru a délce tunelu, ale také na schopnosti ligandu 'zmačkat se' v úzkých částech tunelu.

Pro řešení práce budou použity tzv. hard-sphere modely atomů. Vstupem budou data ze simulací proteinových dynamik. Práce předpokládá dobrou znalost c/c++ a prostředí linux/unix, schopnost samostatného nastudování doporučených API knihoven a jejich použití v SW.
Realization form:SW v c/c++, pripadne v pythonu.
Date:23.01.2019
Responsible person: Petr Pošík