| Topic: | Geometrická modifikace tunelů v proteinových strukturách |
|---|
| Department: | Katedra kybernetiky |
|---|
| Supervisor: | Ing. Vojtěch Vonásek, Ph.D. |
|---|
| Announce as: | Diplomová práce, Bakalářská práce, Semestrální projekt |
|---|
| Description: | Proteiny jsou makromolekuly zajišťující klíčové funkce v živých organismech. Chemické reakce se odehrávají na tzv. aktivních místech, které mohou být schovány hluboko uvnitř proteinu a jsou přístupné tzv. tunely. Pro softwarovou analýzu proteinů jsou tunely detekovány (na základě hard-sphere modelu proteinu) metodou Voroného diagramů a jsou reprezentovány jako sekvence koulí. Cílem práce je implementovat metody pro modifikaci tvaru tunelů, např. tak, aby došlo k rozšíření tzv. bottlenecku tunelu. Bottleneck tunelu je nejužší místo tunelu a jeho velikost omezuje tvar/velikost ligandů (jiných molekul), které mohou s proteinem reagovat.
Jako základ lze využít algoritmy plánování pohybu známé z robotiky. Práce předpokládá dobrou znalost c/c++ a python (případně jiného skriptovacího jazyka) a prostředí linux/unix. |
|---|
