Detail of the student project

List
Topic:Rekonstrukce 3D obrazu karotidy z 2D in-vivo ultrazvukových snímků
Department:Katedra kybernetiky
Supervisor:prof. Dr. Ing. Jan Kybic
Announce as:Diplomová práce, Bakalářská práce, Semestrální projekt
Description:Úkolem práce je sestavit 3D obraz z 2D in vitro ultrazvukových řezů karotidy ve
dvou ortogonální směrech a tento obraz vizualizovat. Volitelné pokračování: ve výsledném 3D
ultrazvukovém objemu najděte polohu 2D histologických řezů.

1. Seznamte se s daty a vypracujte rešerši existujících metod pro
rekonstrukci 3D objemu z 2D ultrazvukových řezů bez informace o pozici.

2. Kompenzujte pohyb sondy ve snímací rovině pomocí registrace
obrazů. Registrujte a spojte vzniklé 3D obrazy z obou snímacích směrů.

3. Pokuste se rekonstrukci iterativně zlepšit 2D-3D registrací mezi
nasnímanými řezy a vypočítaným 3D obrazem.

4. Metodu experimentálně vyzkoušejte na simulovaných i reálných 3D
datech, výsledky vizualizujte.
Bibliography: Housden et al., Sensorless Reconstruction of Unconstrained Freehand 3D Ultrasound Data
Ultrasound in Medicine & Biology 33(3):408-19, 2007
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/17280771/

Prevost et al, Deep Learning for Sensorless 3D Freehand Ultrasound
Imaging. MICCAI 2017
http://campar.in.tum.de/pub/prevost2017sensorless/prevost2017sensorless.pdf
https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-319-66185-8_71

B. Zitová and J. Flusser, “Image registration methods: a survey,” Image
and Vision Computing, no. 21, pp. 977–1000, 2003.

Rohling et al: A comparison of freehand three-dimensional ultrasound reconstruction techniques
Medical Image Analysis, Volume 3, Issue 4, December 1999, Pages 339-359
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1361841599800280

Mohammad Hamed Mozaffari, Won-Sook Lee, Freehand 3-D Ultrasound Imaging: A Systematic Review,
Ultrasound in Medicine & Biology, Volume 43, Issue 10, 2017, Pages 2099-2124,
https://doi.org/10.1016/j.ultrasmedbio.2017.06.009.

Farhan Mohamed and Chan Vei Siang: A Survey on 3D Ultrasound
Reconstruction Techniques. Artificial Intelligence - Applications
in Medicine and Biology
https://www.intechopen.com/chapters/63949

Hernes, Blake: Freehand 3D Ultrasound Reconstruction Algorithms—A Review
Ultrasound in Medicine & Biology
https://www.academia.edu/22595898/Freehand_3D_Ultrasound_Reconstruction_Algorithms_A_Review
Responsible person: Petr Pošík