| List |
| Topic: | Anotaci lékařských dat s minimální interakcí |
|---|---|
| Department: | Katedra kybernetiky |
| Supervisor: | prof. Dr. Ing. Jan Kybic |
| Announce as: | Diplomová práce, Bakalářská práce, Semestrální projekt |
| Description: | Cílem práce je vyvinout způsob poloautomatické segmentace
3D lékařských dat pomocí vhodného uživatelského rozhraní. Postup by měl být pro uživatele co nejrychlejší a nejpohodlnější. Místo toho, aby musel uživatel vybarvovat objekt zájmu ručně pixel po pixelu, poskytne systému pouze jednoduchou nápovědu pomocí několika málo kliknutí. Systém navrhne segmentaci, kterou bude uživatel mít možnost modifikovat poskytnutím dalších nápověd. Příkladem možných nápověd může být kliknutí nebo čára uvnitř a vně objektu, napřesná hranice na jednom řezu atd. Předmětem této práce je pouze algoritmus zpracování uživatelského vstupu - uživatelské rozhraní a vizualizace budou řešeny v nezávislém navazujícím projektu. 1. Proveďte rešerši existujících způsobů interaktivní segmentace a zhodnoťte jejich použitelnost pro 3D segmentaci lékařských dat. 2. Ve spolupráci s týmem řešícím uživatelské rozhraní vyberte vhodné způsoby interaktivní segmentace a nadefinujte interface mezi uživatelským rozhraním a modulem pro zpracování uživatelského vstupu. 3. Implementujte potřebné moduly pro zpracování uživatelského vstupu (např. segmentace na základě označených bodů nebo křivek "scribbles"). Soustřeďte se na rychlost zpracování. Funkci vašich modulů experimentálně vyhodnoťte. |
| Bibliography: | [1] Diaz-Pinto, A. et al. Monai label: A framework for ai-assisted
interactive labeling of 3d medical images. arXiv preprint arXiv:2203.12362. [2] Sakinis, T. et al. Interactive segmentation of medical images through fully convolutional neural networks. arXiv preprint arXiv:1903.08205. [3] Wang et al: Interactive Medical Image Segmentation Using Deep Learning With Image-Specific Fine Tuning. IEEE TMI 2018 |