Detail of the student project

List
Topic:Softwarová aplikace pro FRET analýzu
Department:Katedra kybernetiky
Supervisor:Filip Šroubek Garant: Doc. Ing. Radim Šára Dr. Tech.
Announce as:DP
Description:Fluorescenční resonanční energetický transfer (FRET) je přenos energie z jednoho fluorescentního barviva na druhé v závislosti na vzdálenosti a tvaru obou barviv. Používá se v molekulární biologii k indikaci vzdálenosti bílkovin.

Jde o časově náročné, složité, nekonzistentní měření. Cílem bude vytvořit software (balíček funkcí) pro zpracování obrazových dat, jehož cílem bude zrychlení práce. Tato práce je součástí projektu ve spolupráci s Einstein Medical School, NY, USA. Aplikace v MATLABu nebo modul do ImageJ.

Problémy, které bude nutné řešit: automatická detekce nejlépe zaostřeného snímku, poloautomatická segmentace bílkovin ze série, korekce: odečtení pozadí, kompenzace nežádoucích efektu, přeslechy emisních filtrů, atd.


Instruction:Toto téma bylo navrženo Filipem Šroubkem, Ústav teorie informace a automatizace České akademie věd, http://zoi.utia.cz/. Kontaktujte jej přímo nebo přes Radima Šáru, sara@cmp.felk.cvut.cz, který garantuje externí diplomové práce. Oponent bude určen po dohodě s garantem.
Date:10.11.2010
Responsible person: Petr Pošík