Detail of the student project

List
Topic:Analýza průchodnosti ligandů v proteinech
Department:Katedra kybernetiky
Supervisor:Ing. Vojtěch Vonásek Ph.D.
Announce as:DP,BP,PMI,SOP,PRO
Description:Proteiny jsou makromolekuly zajišťující klíčové funkce v živých organismech. Chemická reaktivita se odehrává na tzv. aktivních místech, které mohou být schovány hluboko uvnitř proteinu. Aktivní místa jsou pro okolní chemikálie (ligandy) přístupná tzv. tunely, tj. cestami mezi povrchem proteinu a jeho vnitřkem. Znalost tunelů (např. jejich tvaru, délky, rozložení v proteinu) lze využít k zrychlení experimentů např. při návrhu léků.

Cílem této práce je navrhnout algoritmy pro výpočet cest ligandu (malá molekula) k aktivnímu místu s využitím metod plánování pohybu známých z robotiky. Pro tyto účely jsou proteiny modelovány nejčastěji tzv. hard-sphere modelem, ve kterém jsou jednotlivé atomy reprezentovány koulemi.

Práce předpokládá dobrou znalost c/c++ a prostředí linux/unix.
Date:23.01.2019
Responsible person: Petr Pošík